В тридцать шесть лет, как мэтр мирового кино, он начал преподавать кинорежиссуру в Колумбийском университете.

Снимая «Сны Аризоны» (1992), Кустурица попытался вписаться в систему Голливуда, не утратив самобытности. Фильм знакомит зрителя с удивительными людьми, каждый из которых по-своему пытается осуществить свою мечту: кто-то — полететь на Луну, кто-то — просто подняться в воздух, кто-то — стать актером, а кто-то — жить среди эскимосов. «Сны» изумительно романтичны — с летающими рыбами и узкоглазыми эскимосами, с дивными арктическими пейзажами. «Зритель окунается в вихрь образов, удивительно изящных и несущих неизъяснимое очарование. Эпизоды нанизываются один на другой так, что практически невозможно предугадать развитие событий, но история при этом рассказывается внятно и четко», — пишет французский критик Эрика Либио.

Поворотным пунктом в судьбе режиссера стал фильм «Подполье» («Андеграунд») (1995), принесший Кустурице вторую «Золотую пальмовую ветвь». Картину представили как триумф десятилетия, роман-эпопею, сравнимую с «Войной и миром». Эмир обращается к судьбе беженцев, желающих спрятаться от ужаса кровавой бойни в своем отечестве. Современный сюжет он воплощает в виде притчи.

После показа «Подполья» боснийское телевидение стало представлять режиссера монстром, администрация Сараева начала репрессии против его семьи. Мать Эмира была вынуждена переехать в Черногорию.

Как и в случае с «Аризоной», Кустурица долго монтировал фильм, прежде чем выпустить на экраны окончательный вариант. Тон многих рецензий (несмотря на каннский триумф) был столь убийственным, что Кустурица заявил о своем уходе из кино. Травлю развязали левые французские философы и критики, которые сочли «Подполье» политически некорректной и просербской картиной (что едва ли верно: Кустурица пытался понять причины югославских войн). «Эти люди, — говорил впоследствии режиссер, — всю жизнь занимаются политиканством. [...] Это они вместе со своими союзниками сформировали после Первой мировой войны Югославию, и они же разрушили ее».

Решив было бросить кино, Кустурица затеял небольшой проект для немецкого телевидения о цыганской музыке под названием «Музыка-акробатика». Из этой затеи получился полнометражный фильм «Черный кот, белый кот». История счастливой любви разыгрывается на колоритном фольклорном фоне и украшена цыганской музыкой. Зрелище развлекательное, энергичное, экзотическое.

«Котов» на Венецианском фестивале приветствовали стоя. Это, пожалуй, первый фильм Кустурицы, который зрителям понравился больше, чем специалистам: на фестивале он получил не «Золотого льва», а всего лишь приз жюри за режиссуру.