Финансовые затруднения вынудили Копполу вернуться к теме мафии и снять продолжение «Крестный отец, часть II» (1974). Студия «Парамаунт», выделившая огромные деньги на постановку, торопила режиссера, определив три месяца на подготовку сценария и запуск фильма в производство.

Картина сопоставляла юные годы основателя клана, когда преступная деятельность была для него единственным способом выжить в иммигрантских трущобах, со зрелостью его сына Майкла Корлеоне (Пачино), ведущего свое «дело» по законам большого бизнеса, неотличимым от законов преступного мира. Коппола, обеспокоенный тем, что

многие усмотрели в первом фильме романтизацию мафии, поставил перед собой задачу показать, как Майкл Карлеоне превращается в чудовище, хладнокровного убийцу.

Марлон Брандо, неудовлетворенный гонораром за первую часть, сниматься в продолжении отказался. Вито Корлеоне в юности сыграл малоизвестный в то время Роберт де Ниро.

«Крестный отец, часть II» снискал зрительский успех и был удостоен шести премий «Оскар», в том числе за фильм, режиссуру, сценарий. Один из «Оскаров» получил отец Фрэнсиса, Кармине Коппола, совместно с Нино Рота написавший музыку.

Две части «Крестного отца» занимают первое место в списке лучших фильмов 1970-х годов по итогам голосования ведущих американских критиков. Более того, эти картины часто включают в число лучших фильмов всех времен и народов.

В 1979 году Коппола завершил четырехлетнюю работу над картиной «Апокалипсис сегодня», вольной экранизацией романа Джозефа Конрада «Сердце тьмы». Герой фильма — полковник американской армии, вышедший из подчинения начальству и основавший свое царство в джунглях Камбоджи.

«Апокалипсис сегодня» снимали на Филиппинах. Самая большая звезда в фильме, Марлон Брандо, растолстел так, что пришлось показывать только его лицо, и то в полумраке. К тому же Брандо, по обыкновению, много импровизировал. Деннис Хоппер регулярно принимал наркотики. Исполнитель главной роли Мартин Шин свалился с инфарктом. Декорации империи Куртца, стоившие миллион долларов, были разрушены тайфуном, который пронесся над архипелагом в мае 1976 года, в самый разгар съемок. Работу пришлось прервать на несколько месяцев.

Коппола долго не мог придумать подходящей концовки для фильма. Между тем бюджет картины безмерно рос, и режиссер был вынужден заложить имущество собственной компании. Коппола снял две версии финала и в итоге остановился на той, где капитан Уиллард бросает на землю оружие, призывая людей последовать его примеру и избавиться от довлеющей над ними власти тьмы.

Там же, на Филиппинах, у Копполы впервые осложнились отношения с женой. От огромного нервного напряжения он стал кричать на Элинор, осыпать оскорблениями, а однажды просто грубо вытолкал жену со съемочной площадки. Дело едва не дошло до развода.